2019年9月15日 · 这套氢键二聚体有几个特点：(1)样本数很大，使得后续分析讨论依据充分 (2)体系非常有代表性，常见的氢键类型x-h...y (x,y=o,n,f)都被纳入其中 (3)中性和带电荷氢键体系同时包含，结合能涵盖了从极弱到极强所有范围，因此可以提供关于氢键全面的视角 (4)样本都是由恰当选取的小分子构成，可以充分 ...

2019年3月30日 · 别考虑MP2 像这样较大体系，MP2或双杂化用Gaussian算极其困难，如果要结果很准确，强烈建议用ORCA做PWPB95-D3(BJ)计算，基组jul-cc-pVTZ，一定要利用RI节约耗时。

2024年5月13日 · 打扰各位老师，请教，氢键分为分子内氢键和分子间氢键，而氢键的定义x-h.....y,通常我们说氢键长度，一般指h.....y之间距离，这个距离范围一般为多少呢？

2023年2月10日 · 我用Gromacs跑了一个稳定液体体系的NVT模拟，然后用gmx hbond-life和-ac计算了里面H键的寿命，用-life得到的结果大概是40 ps，而-ac的结果是两百多ps，输出结果如下：On ...,计算化学公社

2022年6月9日 · 谢谢老师！有个问题想请教一下，我计算仲胺与溶质磷酸之间的氢键报错IndexError: index 0 is out of bounds for axis 0 with size 0；搜索后得到这个报错的信息大概是生成的列表为空值；我的问题是，MDAnalysis中HydrogenBondAnalysis函数中对氢键的定义没有局限在O原子间吧？

2021年3月14日 · 关于计算蛋白和配体之间氢键有几个问题想请教一下老师1.用gromacs和vmd分析氢键哪个更合理一些2.vmd里氢键默认的判据是3.0A,20度，而您的讲义里写的是3.5A,30度，请问 ...,计算化学公社

2024年6月26日 · 这页面不是讲的是金属离子-配体的相互作用么。。。 H-acceptor氢键受体只是用来描述有孤对电子的N,O等原子而已，只有距离金属原子1.2- 2.5埃才会计算金属-配体相互作用。

2014年10月24日 · 简谈原子半径Brief introduction to atomic radius文/Sobereva @北京科音First release: 2014-Oct-24 Last update: 2018-Apr-25经常有人问原子半径的事，这里十分 ...,计算化学公社

2019年10月25日 · 好的，谢谢sob老师。 但是有个问题：我分析的是一个蛋白体系和dsDNA间的分子间氢键，如果用一些可视化软件判断出的分子间个数有10多个，但用gmx hbond这个工具分析整个MD模拟时间段氢键数目的波动在0~6之间，感觉这数据分析不是很可靠？

2023年12月22日 · 我在gmx分析H键功能的过程中，用gmx hbond-f md_noPBC.xtc-s md.tpr-n h.ndx 生成的hbnum.xvg中有三行数据，第一行为时间，第二行为考虑键长和键角的氢键数量，第三行为 ...,计算化学公社